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Guangchuang Yu 提交于 2019-10-30 10:35 . bioc3.10
PKGNAME := $(shell sed -n "s/Package: *\([^ ]*\)/\1/p" DESCRIPTION)
PKGVERS := $(shell sed -n "s/Version: *\([^ ]*\)/\1/p" DESCRIPTION)
PKGSRC := $(shell basename `pwd`)
all: rd check clean
alldocs: rd readme
rd:
Rscript -e 'library(methods); devtools::document()'
readme:
Rscript -e 'rmarkdown::render("README.Rmd", encoding="UTF-8")'
build:
cd ..;\
R CMD build $(PKGSRC)
build2:
cd ..;\
R CMD build --no-build-vignettes $(PKGSRC)
install:
cd ..;\
R CMD INSTALL $(PKGNAME)_$(PKGVERS).tar.gz
check: build
cd ..;\
Rscript -e 'rcmdcheck::rcmdcheck("$(PKGNAME)_$(PKGVERS).tar.gz")'
check2: build
cd ..;\
R CMD check $(PKGNAME)_$(PKGVERS).tar.gz
bioccheck:
cd ..;\
Rscript -e 'BiocCheck::BiocCheck("$(PKGNAME)_$(PKGVERS).tar.gz")'
clean:
cd ..;\
$(RM) -r $(PKGNAME).Rcheck/
update:
git fetch --all;\
git checkout master;\
git merge upstream/master;\
git merge origin/master
push:
git push upstream master;\
git push origin master
rmoldrelease:
git branch -D RELEASE_3_9
release:
git checkout RELEASE_3_10;\
git fetch --all
biocinit:
git remote add upstream git@git.bioconductor.org:packages/$(PKGNAME).git;\
git fetch --all
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