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遗传性疾病sanger测序验证便捷查看
修改自:https://github.com/jonathonthill/sangerseqR
install.packages('tinytex')
tinytex::install_tinytex()
# to uninstall TinyTeX, run tinytex::uninstall_tinytex()
### 以下代码来自解螺旋
### 直接设定镜像 ----
options("repos" = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options("BioC_mirror" = "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
#### 安装R包的一个自定义函数pkgs_in() ----
pkgs_in <- function(pkgs) {
# 设置为国内清华镜像
options("repos" = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options("BioC_mirror" = "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
# 首先安装BiocManager,若已安装则跳过
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
install.packages("BiocManager",ask = F, update = F)
}
# 安装stringr,若已安装则跳过
if (!requireNamespace("stringr", quietly = TRUE)) {
install.packages("stringr",ask = F, update = F)
}
# 去重,识别有无github格式的安装包
pkgs <- unique(pkgs)
pkgs2 <- pkgs
logi <- stringr::str_detect(pkgs2, "/")
pkgs2[logi] <- stringr::str_match(pkgs2[logi], ".*/(.*)$")[,2]
# 安装pkgs中尚未安装的包
new <- !(sapply(pkgs2, requireNamespace, quietly = T))
# 显示需安装的包
if (sum(new) > 0) {
cat("pkgs to install: ", pkgs[new], "\n")
} else {
cat("All pkgs already installed \n")
}
# install pkgs
if(any(new)) BiocManager::install(pkgs[new], ask = F, update = F)
}
#### 3 需要安装的pkgs ----
pkgs <- c("tidyverse", "shiny", "knitr", "Biostrings", "msa", "msaR", "sangerseqR",
"devtools", "DECIPHER", "RUnit", "tinytex")
tinytex::install_tinytex()
#### 4 安装pkgs中的R包 ----
### pkgs_in()函数的特点
# 可随时添加一个或多个安装包,若已安装的则不会再重复安装
# 支持安装github包,输入格式如“tidyverse/dplyr”,中间包含 /
# 确认输入的R包名字是正确的,注意区分字母大小写
# 可反复运行,安装不成功时重启R session,再次安装
# 重启R session快捷键:Crtl + Shift + F10
# 反复运行,依然安装不成功,再次检查输入是否正确;也可能由于网络不佳,可换用其他安装方法
pkgs_in(pkgs)
pkgs_in(pkgs)
pkgs_in(pkgs)
SangerAlignR.tar.gz
devtools::install_local(path="./SangerAlignR.tar.gz")
SangerAlignR::PolyPeakParser()
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